2000年秋，学校实行“六制”改革，李云生当选为校长。学校机构调整为二处（教导处、总务处），一室（校长办公室），副校长及各处室正副主任由校长聘请。同年6月，省教委决定该校为“研究性学习实验基地”，并授牌；11月，李云生校长参加全省教育工作会议，是全省唯一代表中学的与会者。

    2001年2月9日，省教育厅公布该校为全省首批（全省6所）中小学教学研究实验基地。6月，中央新闻采访团和省教育厅30多人来校采访，给该校很高评价：“大城市中学能做到的事，玉山一中也能办到，甚至有的超过大城市中学”。10月22日至26日，人民教育出版社主持的全国中学化学与研究性学习研讨会在该校召开，22个省市200余代表与会。李云生主编的《研究性学习一本全》一书出版。

    2007年 5月，省军区、省教育厅确定该校为“南京军区国防生源中学”。2008年5月，国家留学基金管理委员会授予该校“出国人才选拔基地”并发证书，同时聘请李云生为专家委员会委员；江西财经大学授予该校“优质生源基地”牌匾。秋，学校规模达到73个班，4334名学生，教职工248人，其中教师230人（含无编老师）。